1992-1993 წლის რუსეთ-საქართველოს კონფლიქტის შემდეგ ქალაქმა დაკარგა თავისი მნიშვნელობა. 1993 სექტემბერს, რუსულმა ჯარმა, ადგილობრივ სომეხ და ჩრდილო-კავკასიელ მოხალისეებთან ერთად, შტურმით აიღო სოხუმი. თითქმის ერთი წლის მანძილზე განუწყვეტელი დაბომბვებისა და შეტევების შედეგად ქალაქი ძლიერ დაზიანდა, მთლიანად განადგურდა ინფრასტრუქტურა. აფხაზეთის ავტონომიური რესპუბლიკის ლეგიტიმური მთავრობის ინფორმაციით, ბრძოლების შედეგად ქალაქში განადგურდა 10.000-ზე მეტი შენობა.
ქალაქი ძველბერძნულ წყაროებში მოხსენიებულია „დიოსკურიას“ სახელით, რომელსაც უკავშირებენ არგონავტთა ლაშქრობის მონაწილე ტყუპი ძმების — კასტორისა და პოლიდევკეს (დიოსკურების) სახელს. არის მოსაზრება, რომლის მიხედვითაც „დიოსკურია“ ადგილობრივი — კოლხური (ლაზ-მეგრული) წარმოშობის სახელია — „დიო-/დია-“ — დედა, ქალღმერთი, „-სკური“ — წყალი, მდინარე, ანუ „წყლის დედა/მდინარის ქალღმერთი“. ძველ ქართულ წყაროებში ქალაქი ნახსენებია როგორც „ცხუმი/ცხომი“, რაც ეტიმოლოგიურად მომდინარეობს სავარაუდოდ რცხილას (სვან. „ცხჳიმრა“, „ცხჳიმ“; კოლხ. „ცხიმური“) ან თევზის (კოლხ. „ჩხომი“) სახელებიდან. ქართული „ცხუმი-დან“ მიღებულია მისი თურქიზებული ფორმა „სუხუმ“, რამაც შემგდომში ფართო გავრცელება ჰპოვა სხვადასხვა ენებში, მათ შორის თავად ქართულში. ქალაქს ამჟამად აფხაზურად ეწოდება „აყუა“, რაც გვიანდელი მოვლენაა და მომდინარეობს ჩრდილოეთ კავკასიიდან ჩამოსახლებულ აფხაზურ-ადიღეურ ტომთა ციხე-ქალაქის სახელწოდებიდან. დასახლება მსგავსი სახელწოდებით დატანილია XVII–XVIII საუკუნეების ევროპულ რუკებზე მდინარე ყუბანის შუა წელის უბანში (ჯაკომო გასტალდი, ნიკოლას ვისხერი, გერჰარდ მერკატორი, რობერტ გრინი, ჰენდრიკ ჰონდიუსი და სხვ.).
ძველ და მერმინდელ დასავლეთ ევროპულ წყაროებში ქალაქი მოხსენიებულია სხვადასხვა სახელებით: სებასტოპოლი, სავასტოპოლი, სავატოპოლი, სანატოპოლი, ფავასტა, პორტო მეგრელო, ისგაური და სხვა, როგორც ქალაქი და ნავსადგური კოლხეთში, ხოლო შემდგომ სამეგრელოს ქვეყანაში, საქართველოში. XVIII საუკუნის ფრანგულ გეოგრაფიულ გამოცემებში კი სოხუმი სამეგრელოს დედაქალაქადაა აღნიშნული (ჟან ბაპტის ლუი კლუე, ნიკოლ დელაკრუა და სხვ.).
სოხუმის მიდამოები დასახლებულია ძველი ქვის ხანიდან. გვიანდელი ბრინჯაოს ხანიდან აღმოსავლეთ შავიზღვისპირეთის მნიშვნელოვანი პუნქტია. ძვ. წ. VI საუკუნეში მილეთელმა ბერძენმა ვაჭრებმა აქ სავაჭრო ფაქტორია დიოსკურია დააარსეს. ძვ. წ. I საუკუნეში რომაელებმა დაიპყრეს, შემდგომში ააგეს ციხესიმაგრე და ქალაქს სებასტოპოლისი უწოდეს. VI საუკუნის დასაწყისში სოხუმი ბიზანტიის გამგებლობას ემორჩილება. 542 ირან-ბიზანტიის ომის დროს, ბიზანტიის იმპერატორ იუსტინიანე I-მა გაიყვანა ჯარები სოხუმიდან და დაარღვია მისი სიმაგრე. 565 მანვე აღადგინა ქალაქი და ციხესიმაგრე. სოხუმი კვლავ დაწინაურდა. VIII საუკუნის ბოლომდე სოხუმი აღმოსავლეთ შავიზღვისპირეთში ბიზანტიელთა ერთ-ერთი საყრდენი პუნქტი იყო. 736 ქალაქი დაარბია არაბთა ლაშქარმა მარვან იბნ მუჰამადის (მურვან ყრუ) სარდლობით. VIII საუკუნის ბოლოდან სოხუმი ცხუმის საერისთავოს ცენტრია. აქვეა საეკლესიო კათედრალი, საქართველოს ფეოდალური სახელმწიფო ძლიერების ხანაში (XI-XIII სს.) სოხუმი კვლავ აყვავებას განიცდის. XIV საუკუნის დასაწყისიდან გენუელები (იტალია) სავაჭრო ფაქტორიას აარსებენ. 1451 ქალაქი მცირე ხნით ოსმალებმა აიღეს. მეორედ ოსმალებმა ქალაქი აიღეს XVI საუკუნის II ნახევარში.
ლამაზი მდებარეობის გამო ოსმალები სოხუმს „მეორე სტამბოლს“ ეძახდნენ. სოხუმი აფხაზეთში ოსმალთა ბატონობის დასაყრდენი გახდა. 1724 ოსმალებმა აქ არსებული ციხესიმაგრე კიდევ უფრო გაამაგრეს და სუხუმ-კალე (სოხუმის ციხე) უწოდეს. 1725 და 1728 ადგილი ჰქონდა ანტიოსმალურ აჯანყებებს, მაგრამ ქალაქი ოსმალთა ხელში რჩებოდა. 1771 წელს აჯანყების შემდეგ ქალაქი განთავისუფლდა, მაგრამ მცირე ხნით. ოსმალებმა იგი კვლავ დაიკავეს. XVIII საუკუნის ბოლოს სოხუმი აფხაზეთის მთავრის რეზიდენციაა. ოსმალთა ბატონობის ხანაში ქალაქი დაქვეითდა. იგი ტყვეებით ვაჭრობის ერთ-ერთი პუნქტი გახდა. 1810 სოხუმი რუსეთის ჯარმა გაათავისუფლა. XIX საუკუნის 30-იან წლებში დაიწყო სოხუმის აღორძინება. 1832 წელს გაიხსნა საბაჟო. 1846 ნავსადგურად გამოცხადდა. 1847 წლიდან ქალაქის სტატუსი მიიღო.
ბაგრატიონთა ეპოქის (XI ს.) ნანგრევები, ბოტანიკური ბაღი, სტალაქტიტური მღვიმეები სოფელ შრომასთან, უნიკალური ფერმა-ლაბორატორია — პრიმატარიუმი. სოხუმში არის ცხუმ-აფხაზეთის ეპარქიის კათედრა და რეზიდენცია.
1993 წლის 27 სექტემბრიდან ქალაქი ოკუპირებულია რუსეთის მიერ.
სოხუმთან 5 კილომეტრში, სოფელ ეშერაში განლაგებულია რუსეთის გასამხედროებული ლაბორატორია, რომელიც, საქართველოს მწვანეთა მოძრაობის ცნობით, მიწისქვეშა ბიძგების ხელოვნურ გამოწვევაზე ატარებს ცდებს.
